修改后的刑事诉讼法实施后，各级检察机关基本上都能准确运用法律规定，积极履行职责，依法打击犯罪，维护了社会政治和治安稳定，为改革开放和经济建设创造了安定的社会环境。但检察机关在执行中也存在着许多具体问题，就逮捕措施的适用而言，检察机关存在的主要问题有：
一、对证据条件的要求偏高。虽然刑事诉讼法已将逮捕的首要条件“主要犯罪事实已经查清”修改为“有证据证明有犯罪事实”，放宽了逮捕措施适用的条件，但检察机关在审查批捕环节，因担心法庭审理中出现证据不足的问题，而在批捕环节就要求“事实清楚，证据充分”。其主要表现是：一些案件的不批准理由是“事实不清，证据不足”，而不是以“证据不符合逮捕条件”为由。由于检察机关在批捕环节中的证据要求偏高，导致一些应予逮捕的犯罪嫌疑人未被逮捕，造成案件的降格处理或流失。
二、对法律规定的内涵把握得不够准确。国家赔偿法关于“对没有犯罪事实的人错误逮捕的，做出逮捕决定的机关为赔偿义务机关”的规定，立法目的是“为了保障公民有依法取得国家赔偿的权利，促进国家机关依法行使职权”，刑事赔偿得一个重要原则是“无罪羁押赔偿”，即对无罪的人实施了限制或剥夺人身自由的强制措施，国家才承担赔偿责任，而对有罪的人予以逮捕羁押，即使在此后的诉讼过程中，因不起诉或其他法定情形而免予追究刑事责任的，国家也不承担赔偿责任。司法实践中，检察机关担心出现因错捕而赔偿的情形，对逮捕条件掌握较严，导致一些犯罪行为无法予以及时有力地打击，而造成降格处理或案件流失。
三、检察系统内部考核标准不够科学，而出现该捕不捕地现象。对公安机关移送起诉地案件，刑事诉讼法规定了检察机关可以依法做出起诉或不起诉两种决定，并分别规定了起诉和不起诉的法定条件。就不起诉或存疑不起诉。考核起诉和不起诉决定只能以是否符合法定条件为尺度，不起诉决定只要符合法律规定，也是合法正确的。而检察系统内部却以起诉和不起诉案件的比率来考核起诉工作，由此导致在审查批捕阶段就以起诉标准来界定和要求批准逮捕。担心因诉不出去而找借口和理由做出不予批准逮捕决定，致使刑事侦查工作无法顺利进行，一些犯罪嫌疑人重脱法网。
